是的，孙元起要出川，因为外面有一大堆事情需要他亲自解决。
比如要和莉莉丝、美国驻华公使嘉乐恒等海内外人士晤谈，给川、陕、甘等地区制定一个可行的工农业发展长短期计划。
再比如要跟孙中山、袁世凯等巨头磋商，讨论自己治下三省的地位问题，并履行教育总长职责。从去年三月底到现在不足一年工夫，孙元起从清水衙门的侍郎一跃成为国内屈指可数的实力派，甚至可以与纵横清末民初二十年的大枭雄袁世凯平辈论交。世间遭遇之奇幻难测，由此可见一斑！
当然，孙元起此次着急出川原因还不在此，因为他还有一个更重要的任务：把中国科二八四、夜发清溪向三峡学技术学会的总部迁到国内！
1907年，孙元起借出访瑞典领奖之机，在英国伦敦成立了中国科学技术学会欧洲分会，之后，美洲分会、日本分会也相继成立。但由于清末局势所限，为避免不必要的麻烦，国内一直没有什么动静。然而中国科学研究水平总体比较落后，研究院所布局非常不合理，科研工作者缺乏系统的协作配合，这些都迫切需要一个全国性的科学技术学会进行组织和领导。
孙元起虽然是南方的教育总长、北方的学务大臣，但就其所管范围，则相当于今天的教育部长加科技部长。如果再考虑到孙元起手里的地盘，完全可以认为他是分管科教文卫体的副总理。现在他完全有实力保证中国科学技术学会总部迁回国内后的安全，也有能力对全国的科研布局进行调整，根据国家需要设立一系列科研机构。
粗略结束手头的事务，又大致拟定未来两三个月的工作计划，孙元起便找来杨度、章士钊、沈翔云、蒋志清等人，吐露自己出川之意。本来以为杨度会率先提二八四、夜发清溪向三峡出反对意见，没想到他却大点起头：“现今天下风起云涌，群雄逐鹿，百熙确实不能一直安居巴蜀，是应该到南京、上海、北京等地走走，去近距离看看各处的风云变幻！”
孙中山在被选举为中华民国临时大总统之后，除了以公元2年为民国元年，还把江宁府改称南京府，定为中华民国国都。南京在历史上曾被叫做金陵、秣陵、建康、江宁、应天等，但被称为“南京”还是在有明一朝。很显然，孙中山是想通过改名来体现
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