朝庭不知道的是甘肃并没有全境落在唐军手里，此时嘉峪关还在官军手中，马维兴拿下兰州后停了下来，只是派出人员前往甘肃以西的永昌，山丹，甘州说降，这三处地方见事不可为，爽快的降了，唯有去嘉峪关的人毫无所获，反被守将扣住。【阅读网】
听到此事，唐军都义愤填膺，要求马维兴马上兵，拿下嘉峪关，却被宋献策止住，嘉峪关是万里长城西端主宰，始建于明洪武五年(1372年)，从初建到筑成一座完整的关隘，经历了168年（1372－1539年）的时间，是明长城沿线九镇所辖千余个关隘中最雄险的一座。
嘉峪关自建以来，屡有战事。明正德年间的1515－1522年，吐鲁番满尔兵数犯河西。当时嘉峪关只是座孤城，以致满尔兵两破关城，并屡掠附近诸部民众牛羊。直到1539年嘉峪关建成为一座完整的军事防御工程后，关城锁阴边陲，又有明墙暗壁相合，才真正成为固若金汤的天下第一雄关。
唐军在不到二十天的时间里拿下一省之地，许多地方都是主动投降，马维兴只留下小部兵马，大部份原明朝官员都得以留任，若有点风吹草动，恐怕许多地方都要反复，宋献策劝马维兴停下来，是怕嘉峪关的险峻，若是不能快攻下，徒损士卒事小，惹得以前的地方反复事大，还是先把占领的地方巩固再说。
另一方面宋献策也在等待贺景的到来，现在的各种补给都已快跟不上了，贺景来后，补给也会跟着来到，唐王的犒赏也可以大大提升士气，对嘉峪关一座孤城，反而不用太放在心上，现在不能说降，等他们的补给没了，不降也不行。
嘉峪关的守将为林日瑞，林日瑞原名日烺，因避东宫太子慈烦讳，改名日瑞，若历史没有改变，他会在崇祯十五年，升任甘肃巡抚、都察院右副都御史。崇祯十六年，贺景攻下兰州后，进遏甘州，围城半月，城破，在巷战中被俘，拒降。在崇祯十六年十二月被贺景凌迟处死。
此时他却还只是一个都司，手下只有三千将士，但都是经久战阵的精锐之士，从林丹汗被皇太极击败，逃到青海以来，为了取得补给，林丹多次率军攻打嘉峪关，妄图攻破嘉峪关进入甘肃抢劫，最多时出动了二万人，都被林日瑞依托坚城，粉碎了林丹的梦想，据说林丹是忧
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